Pada organisasi yang masih aktif pastilah ada yang namanya estafet kepengurusan disetiap periodenya, dimana pengurus lama diganti dengan pengurus baru. Regenerasi pengurus sangat penting dilakukan pada suatu organisasi sebagai penerus perjuangan dalam mempertahankan dan meningkatkan kemajuan organisasi serta mewujudkan tujuan organisasi. Sama halnya dengan organisasi lain, UKK KSR PMI Unit IAIN Pekalongan juga menerapkan regenerasi pengurus pada setiap periodenya. Masa jabatan dalam satu periode adalah satu tahun, jadi setiap tahunnya kami mengadakan Musyawarah Kerja Anggota atau yang biasa disebut dengan MUKERTA.